Die Kirche wurde erstmals 1308 urkundlich erwähnt.
Durch die Türkeneinfälle wurden im Gailtal zahlreiche Kirchen beschädigt und entweiht, weshalb die Gotteshäuser nach dem Wiederaufbau neu geweiht und mit Ablässen ausgestattet werden mussten. Aus diesem Grund unternahm der Bischof Pietro Carlo, der Stellvertreter des Patriarchen von Aquileia, in den Jahren 1485-87 eine Visitationsreise die ihn auch ins Gailtal führte. Er wurde von seinem Sekretär Paolo Santonino begleitet, und dieser überliefert in seinem Reisetagebuch die erste genauere Schilderung der Kötschacher Kirche.
Am 2. Oktober 1485 notierte Santonino folgendes: "Der Bischof weihte die neue prächtige Kirche im Ort Kötschach ... mit vielen Altären zu Ehren der seligen Maria; sie ist eine Filialkirche der Pfarre St. Daniel." Santonino spricht hier von einer neuen Kirche, wobei das Kötschacher Gotteshaus weder in den Kämpfen um das Cillier Erbe noch von den Ungarn oder Türken zerstört, sondern nur leicht beschädigt wurde. Jedenfalls war sie schon damals, vor dem Umbau zu Beginn des 16. Jahrhunderts, ein beeindruckendes Bauwerk.

Um die Mitte des 17. Jahrhunderts wurde die Kirche von einem Villacher Architektoniker als die vortrefflichste, schönste, am geschmackvollsten geschmückte, gottgefälligste und am reizendsten gelegene Kirche des Gailtals bezeichnet. Er merkte an, dass sie 50 Schritte in der Länge und 22 Schritte in der Breite messe. Außerdem besitze sie drei Schiffe, eine herrliche Sakristei und einen hohen Turm mit vier wohlgestimmten Glocken. Ebenso die beiden Filialkirchen in Laas und Mandorf gehörten zur Kötschacher Kirche.

Urkundlich wurde die St. Markus Kirche 1276 erstmals erwähnt, wobei die Geschichte bis in die romanische Zeit zurückreicht. Ältester Baubestandteil ist der Turm. An der südlichen Langwand befindet sich ein künstlerisch wertvoller Freskenzyklus aus der späteren Gotik. Dargestellt sind Marientod, die Aufnahme in den Himmel, der Schmerzensmann und Handwerkzeug bzw. landwirtschaftliches Gerät.
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Die Geschichte des heiligen Markus
Markus ist der Schreiber des II. Evangeliums und Schüler des Apostels Petrus. Er begleitet Paulus mit Barnabas auf der ersten Reise. In Rom ist er mit Petrus zusammen, der ihn veranlasst, das Evangelium zu schreiben. Er schickt ihn zunächst nach Aquileia, anschließend nach Alexandria, um das Evangelium zu verkünden. Als Bischof von Alexandria überfallen ihn christenfeindlich gesinnte Einwohner am Altar und schleifen ihn mit einem Strick um den Hals zu Tode. Ein Unwetter hindert die Mörder, ihn zu verbrennen. Sein Leichnam bleibt unberührt liegen, bis Christen ihn bestatten können. Vermutlich erst im IX. Jahrhundert erfolgt die Überführung der Gebeine nach Venedig. Er wird schreibend am Pult dargestellt, sein Symbol ist der geflügelte Löwe.
Die Wahl des heiligen Markus zum Kirchenpatron von Mauthen weist wohl auf die räumliche Nähe zu diesen Orten und auf die Zugehörigkeit Mauthens zum alten Patriachat Aquileia hin.

Seit dem 19. Jahrhundert ist die Gurina (nahe Dellach im Gailtal) als archäologische Fundstelle bekannt. Seit 2004 gibt es wieder umfangreiche archäologische Grabungen, deren Ergebnisse im Sommer 2006 in einer Sonderaustellung vorgestellt wurden.
Die Geschichte der Gurina beginnt im 9. Jh. v. Chr. mit einem Opferplatz, der bis in das 3. Jh. v. Chr. benutzt wird. Charakteristische Hinterlassenschaft dieser Opferhandlungen sind eine Unmenge von zerschlagenen Keramikgefäßen und eine Bronzestatuette, welche die Göttin Venus darstellt. Aus der Keltenzeit sind uns von der Gurina die berühmten Opferbleche mit den venetischen Inschriften bekannt, die in der Ausstellung ebenso gezeigt werden, wie die venetischen Steininschriften von der Misoria-Alm bei Würmlach.
In dieser Zeit des 2. und 1. Jhs. v. Chr. wurde die Gurina erstmals befestigt und zeigt sich so als keltischer Herrensitz. Nach der römischen Eroberung der Alpen wird die Gurina ab 16 v. Chr. als Bergbausiedlung ausgebaut und erneut mit einer massiven Befestigungsmauer umgeben. Der Bergbau und die Verhüttung von Eisenerz bilden für ca. 80 Jahre die wirtschaftliche Grundlage der Siedlung, in der innerhalb kürzester Zeit große Verwaltungsgebäude und Häuser entstehen.
Nach dem Niedergang dieser Wirtschaftsgrundlage besteht auf der Gurina nur der heilige Bezirk auf der so genannten Tempelkuppe weiter. Dort wird ein gallo-römischer Umgangstempel errichtet, der bis in das beginnende 5. Jh. n. Chr. besteht.